Развитие взаимовыгодных политических, торгово-экономических и культурных связей Киргизии с субъектами Российской Федерации занимает заметное место во взаимодействии двух стран. На данный момент подписано более 30 договоров и соглашений о разностороннем межрегиональном сотрудничестве. Из 83 субъектов Российской Федерации 76 имеют торгово-экономические и иные связи с Киргизией. Взаимодействие идет также по линии торгово-промышленных палат обоих государств (подписано 18 двусторонних соглашений).

Россия является ведущим торговым партнером Киргизии. Более 70% российско-киргизского товарооборота традиционно приходится на такие регионы России, как г.Санкт-Петербург, Оренбургская область, Омская область, г. Москва, Алтайский край, Челябинская область, Свердловская область, Новосибирская область и др.

Интенсификации экономического межрегионального сотрудничества России и Киргизии способствовали мероприятия, проведенные в КР в 2011 г. С участием ряда российских регионов состоялись российско-киргизская конференция «Расширение межрегионального сотрудничества Киргизии и России как фактор обеспечения устойчивого развития экономики» (г.Бишкек, март) и региональный инвестиционный форум «Привлечение инвестиций и развитие производства» (г.Ош, май). Наибольшую активность в вопросах сотрудничества с Киргизией проявили Алтайский край, Республика Татарстан, Новосибирская, Свердловская, Оренбургская и Омская области, а также гг. Москва и Санкт-Петербург.

По итогам рабочего визита в Киргизию в феврале 2011 г. делегации Сибирского Федерального Округа России во главе с заместителем председателя Межрегиональной ассоциации «Сибирское соглашение» С.Тихомировым были подписаны соглашения о проведении спортивных мероприятий на территории Киргизии и Республики Алтай, договор об открытии факультета киргизского языка в Горноалтайском государственном университете и факультета алтаистики на базе института лингвистики Киргизского государственного национального университета, проведении регулярных двусторонних встреч и обмене информацией в сфере миграции. Кроме того, был подписан Меморандум о сотрудничестве между Ассоциацией «Сибирское соглашение» и Ассоциацией гильдий соотечественников России. В июле 2011 г. Киргизию посетил генеральный директор российской компании ОАО «Элсиб» (Новосибирск) К.Гиберт. В рамках визита между Министерством энергетики Киргизии (Научно-технический центр «Энергия») и российским научно-производственным объединением «Элсиб» был подписан меморандум о намерении создать совместное предприятие в области проектирования гидроэлектростанций в КР.

С 7 по 10 мая 2012 г. состоялся визит в Киргизию делегации г. Санкт-Петербург во главе с членом Правительства Санкт-Петербурга, главой администрации Фрунзенского района Санкт-Петербурга Т.В.Мещеряковым для участия в торжественных мероприятиях по случаю открытия мемориального комплекса, посвященного блокаде Ленинграда. 21-23 июня 2012 г. в Санкт-Петербурге прошел 16-й Петербургский международный экономический форум.На его полях было подписано соглашение между мэрией Бишкека и правительством Санкт-Петербурга о сотрудничестве в торгово-экономической, научно-технической и культурной областях.

Развиваются связи субъектов Российской Федерации с Киргизией и в рамках гуманитарного сотрудничества. Яркими событиями для жителей Киргизии в 2011 г. стали выступления в Бишкеке и ряде других городов КР Кубанского казачьего хора (по случаю Дня России) и Государственного академического русского народного Сибирского хора (по случаю Дня народного Единства).