Базовой основой для развития научных связей в постсоветский период является Соглашение о сотрудничестве между Российской академией наук (РАН) и Национальной академией наук Киргизстана (НАН КР), подписанное в 2003г. В рамках данного Соглашения осуществляется двусторонний обмен учеными, включая участников семинаров, симпозиумов и конференций, на бесплатной основе размещаются публикации научных работ. Одновременно киргизские ученые имеют возможность ознакомиться с последними научными исследованиями российских коллег (в библиотеку НАН КР регулярно поступают журналы, издаваемые РАН). НАН КР поддерживает крепкие связи с различными научными учреждениями России.

Ярким примером киргизско-российского взаимодействия в сфере научных исследований является геодинамический полигон. Ранее данный полигон был станцией Института высоких температур. Сейчас, в результате совместного постановления, подписанного киргизской и российской стороной, объект приобрел статус международного. На станции трудятся ученые не только из России и Киргизии, но и ряда других стран, ведутся совместные электромагнитные и сейсмологические наблюдения.

Значительное развитие получило двустороннее взаимодействие в области начального, среднего и высшего образования. Посольство на регулярной основе оказывает разноплановую помощь школам и детским домам. За истекший год начальным и средним образовательным учреждениям Киргизии передано около 360 тыс. экземпляров учебной, художественной и методической литературы. Одновременно действуют и другие программы, направленные на расширение гуманитарного сотрудничества. Целый ряд школ республики подключены к российскому образовательному каналу "Школьник ТВ". Параллельно реализуется программа "Московский аттестат", дающая возможность старшеклассникам пройти курс дистанционного обучения и получить российский аттестат.

Специалистами в области профессионально-технического образования ведется работа по изучению возможности восстановления или создания совместных учреждений для подготовки кадров, которые были бы востребованы на российском рынке труда.

В марте 1996г. подписано Соглашение между Правительствами Российской Федерации и Киргизской Республики о сотрудничестве в сфере высшего образования, согласно которому на базе государственных высших учебных заведений обеих стран в двустороннем порядке могут создаваться филиалы. В настоящий период в Киргизии действуют следующие филиалы российских вузов: Киргизско-Российский Славянский университет, филиал Балтийского государственного технического университета "Военмех", Бишкекский филиал "Международного славянского института", Киргизско-Российская академия образования, Бишкекский филиал "Российского государственного торгово-экономического университета", филиал Российского государственного социального университета в г.Ош, Бишкекский, Каракольский и Ошский филиалы Московского института предпринимательства и права.

Также, в соответствии с данным Соглашением установлена квота приема на обучение по согласованным специальностям граждан РФ и КР в вузы стран. В 2007г. российская сторона предоставила 80 бюджетных мест для киргизстанцев и 100 мест для соотечественников, постоянно поживающих в республике.

Флагманом двустороннего взаимодействия в сфере высшего образования является Киргизско-Российский Славянский университет (КРСУ). Университет успешно сотрудничает с ведущими российскими вузами (МГУ, МГИМО, Дипакадемией, Академией гражданской защиты МЧС РФ, Новосибирским государственным университетом). На базе КРСУ функционирует научно-исследовательский институт регионального славяноведения. Предметом исследований служат взаимоотношения славянского и тюркоязычного миров в свете новых геополитических отношений, сложившихся на современном этапе. НИИ в рамках российской федеральной программы "Русский язык" опубликовал целый ряд работ, определяющих концептуальные позиции официального языка страны. При содействии Посольства институт (с 2003г. по настоящее время) принимает активное участие в работе курсов повышения квалификации учителей русского языка и литературы.